Im August des Jahres 1683 marschierte in Trnava der Führer des gegenhabsburgischen Aufstandes und türkischer Verbündete Imrich Thököly mit seiner Armee ein. Wenn die Trnavaer den neuen Herren mit Salve aus den Werken begrüßten, aus dem Turm des oberen Tores lösten sich die Ziegeln und fielen in der Nähe von Thökölys Pferd. Thököly sagte zu diesem Begebnis kein Wort, aber es war wohl kein gutes Zeichen. Am nächsten Tag nach seinem Besuch fingen an unter dem oberen Tor die Scheunen zu brennen. Der Brand verbreitete sich schnell hinter den Mauern und später bis in der ganzen Stadt. Da die Tore verschlossen und verbarrikadiert waren und in der Stadt waren wegen Angst von den Türken viele Landleute eingezogen, brach Panik heraus. Die Leute krallten sich auf die Wälle und sprangen runter. Innerhalb der Stadt und unter den Wällen starben mehr als 4000 Menschen. Der Brand verschonte nur 58 Häuser, die Pfarr- und Universitätskirche. Thökölys Soldaten plünderten auch das Stadtarchiv aus, und aus der Urkunde des Béla IV. stahlen sie das goldene Siegel.