Im Rahmen vom Landschaftsschutzgebiet Malé Karpaty (slow. Chránená krajinná oblasť Malé Karpaty) wird ein erhebliches Teil des Gebirges Kleine Karpaten geschützt. Das Landschaftsschutzgebiet Malé Karpaty wurde am 5. Mai 1976 auf der Fläche von 65.504 ha errichtet und seine Verwaltung sitzt in Modra. In der nordsüdlichen Richtung beträgt seine Länge 100 km und in der westöstlichen Richtung 16 km. Auf dem Gebiet vom Bezirk Trnava gehören dazu auch die Nationalnaturschutzgebiete Hlboča und Záruby und die Naturschutzgebiete Bolehlav, Buková, Čierna skala, Katarína, Klokoč, Lošonský háj, Skalné okno und Slopy. Aus anderen Schutzgebieten befindet sich hier noch ein Nationalnaturdenkmal – die Höhle Driny und die Naturdenkmale Čertov žľab, Ľahký kameň und Vyvieračka pod Bachárkou. Das Landschaftsschutzgebiet Malé Karpaty besteht im großen Maße aus weitläufigen Laubwäldern, Wiesen und Waldlichtungen. Zu den geschützten Pflanzenarten gehört beispielsweise die Schwertlilie, Kuhschelle und Nelke, zu den geschützten Tieren wiederum Storch, Schmetterlinge und einige Käferarten. Das Gebirge die Kleinen Karpaten erreicht an den südöstlichen Abhängen die Höhe von etwa 300 bis 400 m in der Umgebung von Buková und Dobrá voda, bzw. 400 bis 500 m in der Umgebung von Horné Orešany. Das Gebirge ist im zentralen Teil am höchsten, wo zwischen Smolenice und Buková auch der höchste Berg – Záruby (767 m) liegt. Dieser Teil der Kleinen Karpaten ist das schönste, mit kleineren Bergen besät, die über die glatten Plateaus hinausragen. In Kalksteinen und Dolomiten sind viele Karstformationen entstanden, vor allem in der Nähe von Smolenice und Dobrá voda. Aus den unterirdischen Karstformationen ist im Landschaftsschutzgebiet Malé Karpaty besonders der Karst Smolenický kras bekannt, hauptsächlich die Höhle Driny, die die einzige der Öffentlichkeit zugängliche Höhle in der westlichen Slowakei ist. Die Karstgebiete in diesem Teil der Kleinen Karpaten sind in Form von Vertiefungen, Karstgruben und -feldern vorhanden. Der Karst Smolenický kras ist ein sehenswürdiges Karstgebiet und befindet sich im südöstlichen Teil des Gebirges. Er dehnt sich auf der Fläche von 7 km² aus und enthält eine Gruppe von Kalkkämmen um den Berg Driny (483 m). Er besteht aus dunkelgrauen Kalksteinen, die von einer Menge von Spalten durchwoben sind, die die unterirdische Entwässerung des Gebiets ermöglichen. Oberflächliche Karstformationen stellen die Karren dar, die auf dem Plateau der Bergen Driny und Molpír und am Hang des Berges Cejtach zu finden sind. Einen Ca?on-Charakter hat das Tal Hlboča. Sehenswürdig ist auch das Gebiet vom Karst Dobrovodský kras, der die Fläche etwa 6 000 ha einnimmt. Aus den Karstformationen befinden sich hier das Tal Dobrovodské údolie, die Karstquellen Blava, Mariáš und Výtok, Dolinen, Schlucklöcher und Karstseen. Die Karstquellen dienen auch als Trinkwasserquellen. Die Flora in den Kleinen Karpaten ist artenreich. An den am niedrigsten liegenden südlichen Hängen wachsen wärmeliebende und trockene Eichenwälder. Auf den sonnigen Stellen wachsen wiederum verschiedene Arten von Gesträuch, Gras und Kraut. Über den Eichenwäldern befindet sich der Buchenwald. In den Eichen- und Buchenwäldern sind auch Hainbuchen eingemischt. In höheren Lagen sind Mischwälder mit Ahorn, Ulme, Esche, Hainbuche, Buche und Eiche zu sehen. Das Vorgebirge der Kleinen Karpaten war vor dem Abholzen von Eichenwäldern mit Ahorn und Hasel bewachsen. Dank der Lage und dem warmen Klima im Südwesten der Slowakei ist die Fauna in den Kleinen Karpaten auch unikal und artenreich. Häufig kommen hier verschiedene Arten von Käfern wie Hirschkäfer, Bockkäfer, Laufkäfer vor, aber auch Schmetterlinge wie Fleckenfalter, Perlmutterfalter, Augenfalter und andere sind vorhanden, genauso wie Reptilien, z.B. Eidechse und Natter. Es leben hier auch seltene Vogelarten, beispielsweise Falke und Adler.